岛隧工程和桥梁工程是港珠澳大桥的主体工程，为做好主体工程通航安全保障，日前，港珠澳大桥管理局和广东海事局共同编制了《港珠澳大桥主体工程通航安全保障总体规划方案》（简称《方案》）。
       《方案》规划了各项水上安全监管工作的实施方式和实施计划，明确了大桥建设不同阶段的工作内容和工作职责，统一了监管思路和监管方案，制定了航海保障方案及应急处置方案等，对大桥建设水上交通安全监管工作作了总体规划，为提高桥区应急反应和处置能力，共同维护珠江口水域水上交通安全打下了坚实基础。
       港珠澳大桥主体工程的安全建设直接影响到珠江口水域通航秩序和周边港口的正常生产，尤其是桥隧工程所穿跨的伶仃西航道，是进出广州港、虎门港、深圳西部港区的万吨级以上轮船唯一航行通道，往来船舶非常繁忙，交通流复杂。为确保伶仃西航道水域的施工安全，广东海事局将对该航道进行临时改向。目前，广东海事局已制定《伶仃西航道转换计划安排表》，并进行了具体安排和明确分工。近期，广东海事局将全力以赴做好伶仃西临时航道启用前的航标设置、海图改版、航行规定修编工作，确保主体岛隧工程顺利开挖，研究和制定桥区水域高速客船航路调整方案，规范高速客船航路，减少高速客船与施工作业的相互影响。